开明出版社实行社务委员会领导下的社长负责制，由社务委员会向民进中央主席会议负责。 出版社现设有教育分社、人文分社、学术分社、辞书分社以及综合编辑部等编辑业务部门；总编室、办公室、人事室等管理部门；财务部、出版部、图书营销中心等经营业务部门；开办了《中小学心理健康教育》和《出版史料》两个杂志，并设有北京开明图书发行公司、羽人装帧设计中心等下属分支机构。